Για δεκαετίες η διάγνωση της Κοιλιοκάκη βασιζόταν στην τυπική κλινική εικόνα του συνδρόμου δυσαπορρόφησης και στην παρουσία χαρακτηριστικών βλαβών στη βιοψία του λεπτού εντέρου. Ειδικές δοκιμασίες, όπως η δοκιμασία ανοχής στη γλυκόζη, η δοκιμασία ξυλόζης και ο προσδιορισμός του λίπους των κοπράνων βοηθούσαν στην επιλογή των ασθενών, που θα υποβάλλονταν σε βιοψία λεπτού εντέρου (Fotoulaki M.,2001).
Η Ευρωπαϊκή Εταιρεία Παιδιατρικής Γαστρεντερολογίας, Ηπατολογίας και Διατροφής (ESPGHAN), το 1970, θεσπίζει ειδικά διαγνωστικά κριτήρια, σύμφωνα με τα οποία, για την τελική διάγνωση της νόσου είναι απαραίτητες τρεις βιοψίες λεπτού εντέρου σε τρεις διαφορετικές χρονικές περιόδους (Meewisse GM, 1970). Η πρώτη βιοψία πραγματοποιείται στην κλινική υποψία της νόσου για να επιβεβαιώσει την παθογένεια του εντερικού βλεννογόνου. Η δεύτερη πραγματοποιείται μετά τη θεραπεία (διατροφή χωρίς γλουτένη) για να δείξει την αποκατάσταση του βλεννογόνου, και η τρίτη γίνεται με την εισαγωγή γλουτένης στο διατροφολόγιο του ασθενή, για να επιβεβαιώσει την παθολογική αντίδραση του βλεννογόνου.
Τα κριτήρια αυτά, καθώς και το ότι η ύπαρξη της Κοιλιοκάκης τεκμηριωνόταν μόνο όταν πληρούνται τα παραπάνω κριτήρια, ίσχυαν μέχρι το 1990. Η δυνατότητα όμως προσδιορισμού των παρακάτω αντισωμάτων: IgA-AGA και IgG-AGA (αντιγλιαδινικά αντισώματα τύπου ανοσοσφαιρίνης Αή G), των αντισωμάτων έναντι της δικτυωτής ουσίας (ΑRA), τύπου ολικής ανοσοσφαιρίνης, συνήθως τα αντισώματα έναντι του ενδομυίου τύπου ανοσοσφαιρίνης Α(IgA-AEA) και η ιστική τρασγλουταμινάση (TG), συνέβαλε σημαντικά στην αναθεώρηση από την ESPGHAN των αρχικών διαγνωστικών κριτηρίων (Fotoulaki M.,2001).
Σύμφωνα με τους Walker-Smith JA, (1990), τα αναθεωρημένα κριτήρια της ESPGHAN για τη διάγνωση της Κοιλιοκάκης είναι τα εξής:
- Κλινική εικόνα συμβατή με Κοιλιοκάκη ή ομάδα υψηλού κινδύνου
- Ορολογικοί δείκτες (αντισώματα) θετικοί
- Ιστολογικά ευρήματα στη βιοψία λεπτού εντέρου συμβατά με Κοιλιοκάκη
- Κλινική και ορολογική απάντηση στη δίαιτα χωρίς γλουτένη
- Ηλικία >2 χρονών
- Αποκλεισμός άλλων καταστάσεων οι οποίες μιμούνται Κοιλιοκάκη
Τέλος, σημαντικό ρόλο στη διάγνωση θα πρέπει να διαδραματίζει και η σκέψη πως η Κοιλιοκάκη μπορεί να συνυπάρχει με μια σειρά από αυτοάνοσα νοσήματα, όπως ο ινσουλινοεξαρτώμενος σακχαρώδης διαβήτης, ο υπερ- και ο υποθυρεοειδισμός, η νόσος του Addison, η ελκώδης κολίτιδα, η κατά πλάκας σκλήρυνση, η νόσος του Sjogren, η ρευματοειδής αρθρίτιδα, κλπ.
Είναι σαφές ότι η διάγνωση της νόσου Κοιλιοκάκη πρέπει να βασίζεται στα αναθεωρημένα και επιστημονικά τεκμηριωμένα κριτήρια που έθεσε η ESPGHAN, προκειμένου να αποφευχθούν οποιαδήποτε λάθη. Η συνύπαρξη της δε με άλλα αυτοάνοσα νοσήματα, κατατάσσει τη νόσο όχι μόνο στην σφαίρα ενδιαφέροντος ενός γαστρεντερολόγου αλλά και γιατρών άλλων ιατρικών ειδικοτήτων.